卵巢囊肿与不孕有密切的联系，女性卵巢囊肿很大程度上影响着怀孕，因为卵巢是卵子生成和发展的地方，是女性重要的生殖器官，如果卵巢内出现囊肿势必会造成卵子与精子无法正常结合，即便结合了也影响生育的质量。
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卵巢囊肿引起不孕的原因：
１、假如卵巢囊肿出现急慢性扭转、破裂，则影响卵巢血运和引起坏死，继而出现卵巢功能障碍和不排卵，如为双侧性，则影响更大。
２、某些卵巢的恶性或巨大肿瘤，使大部分卵巢组织受到破坏而引起的卵巢功能失调、不排卵、与四周组织粘连，输卵管阻塞等情况，均可造成不孕症。
３、某些含有内分泌功能的卵巢囊肿，如卵巢甲状腺瘤、卵巢颗粒-卵泡膜细胞瘤等，可因其所含肿瘤组织成分不同而产生某些相应激素，从而干扰卵巢激素的正常分泌和排卵，出现闭经、子宫出血、多毛和不孕等症状。
４、卵巢囊肿会造成输卵管机械性的阻塞，影响卵巢的排卵功能，假如双侧卵巢癌使卵巢的大部分组织受到破坏，那么不孕的发生率比较高。又例如手术中，卵巢的切除（单侧或双侧输卵管卵巢的切除，发生于近经期或尽经期妇女）、单侧或双侧卵巢囊肿进行的附件以及全子宫切除均可引起育龄妇女的不孕症。
５、卵巢囊肿生长过快过大时，可以影响卵巢的血运和排卵。
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