针对身体某些疾病引起的口臭，只能针对不同的感染采取抗感染的药物进行治疗。例如：口腔感染，可以用甲硝唑；鼻炎感染可以用鼻炎片；消化道疾病可以用对应的胃药（雷贝拉唑、奥美拉唑）。由于抗生素的耐药性，不建议频繁使用。
抗感染药物治疗
针对于食物腐残留口腔引起的口臭，可以针对性的对口腔进行清洁，保持口腔卫生，养成良好的刷牙习惯。如果口腔出现溃疡、牙龈肿痛等情况可以适当使用消炎功能的簌口水，也可以涂抹一些云南白药牙膏进行清洁，这样不仅可以清楚口腔中食物残渣还可以杀死口腔的的细菌，治疗口臭。
口腔清洁
对于表现为口臭、口渴饮冷、口舌生疮糜烂、牙龈赤烂肿痛、大便干结、小便短黄等这种胃热上蒸型口臭，可以选用黄连上清丸或牛黄清胃丸用以散风清热、泻火止痛。
胃热上蒸型口臭
肠胃食积型口臭主要以不思乳食、腹胀嗳腐、口中酸臭、大便酸臭或便秘为主要特征。这种类型的口臭可以服用保和丸、大山楂丸、木香槟榔丸、鸡内金片等中成药予以治疗。
肠胃食积口臭
虚热口臭主要表现为咽喉感统、口干舌燥、流鼻血、鼻干咽燥等症状，主要是由于阴虚生内热所致。此种类型口臭应该以清心润肺为主，中医里可以使用“清燥救肺汤”、“酸枣仁汤”、“知柏地黄丸”等方剂对症治疗。
虚热型口臭
用半杯白开水半杯白酒对匀，每天睡觉前喝一大口，含在口中5分钟，使酒液停在口腔患处后吐掉或咽下均可。用白酒含簌主要针对于牙龈肿痛、牙周炎等口腔类疾病引起的口臭。
白酒含簌
取15g藿香、10g苍术加水1000ml清水煎至500ml后，加入1g冰片融化。每天含簌3-4次，至痊愈为止。主要针对于口腔内疾病，例如：龋齿、牙龈炎、牙髓炎等。